《全國掃黑除惡專項斗爭督導工作方案》督導工作重點圍繞六個方面：政治站位、依法嚴懲、綜合治理、深挖徹查、組織建設和組織領導。
(1)政治站位。重點督導黨委和政府貫徹落實習近平總書記有關重要指示和中央決策部署情況，貫徹落實掃黑除惡專項斗爭的總體要求和實施步驟情況。
(2)依法嚴懲。重點督導掃黑、除惡、治亂的成效，特別是發動群眾情況，嚴守法律政策界限，嚴格依法辦案，以及涉黑涉惡問題的根本遏制情況。
(3)綜合治理。重點督導各部門齊抓共管，相關監管部門對重點行業、重點領域加強日常監管，形成強大合力的情況、整治突出問題的情況。
(4)深挖徹查。重點督導把掃黑除惡與反腐敗斗爭和基層“拍蠅”結合起來，治理黨員干部涉黑涉惡問題，深挖黑惡勢力背后“保護傘”的情況。
(5)組織建設。重點督導整頓軟弱渙散基層黨組織，嚴防黑惡勢力侵蝕基層政權，為鏟除黑惡勢力滋生土壤提供堅強組織保證情況。
(6)組織領導。重點督導各級掃黑除惡專項斗爭領導小組及其辦公室充分發揮職能作用，加大統籌力度，層層壓實責任，推動解決經費保障、技術裝備、專業隊伍建設等重要問題情況。
