一、民政局協議離婚優點是比較方便，只要雙方達成一致意見即可隨時領取離婚證。而在法院達成調解協議則程序較繁瑣，需先立案后開庭再判決，上海地區大部分法院已經把此類案件列為速裁庭，一周即可處理結案。如適用簡易程序案件，辦理所需時間一般是十五天至三十天，時間相對較長。
二、民政局協議離婚經濟成本低，而法院調解離婚，無夫妻共同財產分割的，五十元;涉及財產分割的，需按照財產標的收費。因此，如果夫妻共同財產有價值幾十萬元的房產，所繳的訴訟費也需幾千元，相對成本較高。
三、從協議的履行方面來看，民政局協議離婚所備案的離婚協議書雖然有效，但是不具有強制執行的效力，當一方不履行協議內容時，另一方必須向法院另行起訴解決，而協議書中所約定的內容，并不是百分之百得到法律的支持。一旦產生糾紛，仍需法院判決，具有很大的不確定性。
通過法院達成的調解協議離婚，有法院下達的調解書，具有可強制執行的效力。任何一方不履行法院的調解協議，對方即可向法院申請強制執行，法院通過查封、凍結、甚至拘留罰款等強制措施使對方必須遵守協議，更有保障。
四、從協議內容來看，民政局對于離婚協議的內容基本不審查，由雙方當事人協商一致就可以，因此，協議書中涉及對財產、子女、債權債務的處分，往往是根據當事人對法律的認識，措詞不規范，考慮不周全，極易產生糾紛，留下隱患。
而法院協議離婚，經過律師、法官的層層把關，調解書的每一條款都會逐條進行審查，合法、嚴謹，并確保今后可供強制執行，沒有隱患，更徹底的解決問題。
基本上，民政協議離婚的優點是省時省錢，但一旦產生糾紛，仍需再次訴訟。而法院調解離婚雖成本較高，但優點是有強制執行依據，沒有再次糾紛的可能性，一次性根本解決問題。在我們辦理的案件中，有三成比例的案件是來自離婚后糾紛，原因多是一方不遵守協議，不履行義務;或是離婚協議本身制定時就有缺陷，如約定不明雙方有爭議，只得再次提起訴訟。
因此，如果當事人不是必須立即辦理離婚，對必要的經濟支出有能力承受，有共同財產需要分割、有子女需要約定撫養及探視權，符合以上情形的，律師建議應當在法院協議離婚，對雙方權利、義務都是一種保障，這一點對保護婦女兒童等弱勢群體更為重要。
延伸閱讀：2011離婚協議書范本
